Mặc dù vào thời Nam bắc triều, quyền lực của thế tộc cực thịnh, song thế tộc Nam triều theo thời gian có xu thế trở nên cứng nhắc, hàn môn bắt đầu nổi lên; thế tộc Bắc triều chịu ảnh hưởng rất lớn của Hoàng đế, khiến cho quyền lực của họ bất ổn định. Hoàng đế Nam triều chủ yếu xuất thân từ hàn môn hoặc thứ tộc, song đặc quyền của thế tộc không bị lung lay ngay tức khắc. Nam triều quy định con em thế tộc được 20 tuổi thì vào làm quan, con em hàn môn 30 tuổi có tài năng thì được dùng làm tiểu lại, khiến địa vị của thế tộc được nâng cao. Người có xuất thân hàn môn phải gia nhập vào thế tộc, thay đổi tịch trạng, giả trang danh môn thì bản thân mới có thể tiến xa trong nghiệp quan trường. Thế tộc duy trì được địa vị xã hội, đồng thời cũng thịnh hành việc lập "tổ phả", như tổ tôn Giả Bật ba đời chuyên tinh về tổ phả học, soạn "Thập thất châu sĩ tộc phả" với tổng cộng hơn 700 quyển. Lưu Đam của Lưu Tống, Vương Kiệm của Nam Tề, Vương Tăng Nhụ của Lương đều có tác phẩm chuyên về tổ phả học. Tổ phả học là căn cứ trọng yếu để Lại bộ tuyển quan, là công cụ duy trì nền chính trị thế tộc.[35] Thế tộc và hàn môn duy trì giới hạn nghiêm ngặt, hai tầng lớp không thông hôn ngay ngồi cùng nhau, song đến trung hậu kỳ thì dần dần biến mất.[36] Thế tộc Nam triều không dẫn binh đánh trận, lại không có khả năng quản lý chính sự, sau loạn Hầu Cảnh thì sụp đổ toàn diện, không còn khả năng nổi lên. Hàn môn chủ yếu là chỉ địa chủ và thương nhân không có đặc quyền, họ không can tâm chịu chèn ép, thông qua các phương tiện như khảo thí mà bước lên vũ đài chính trị, chế độ khoa cử manh nha xuất hiện trong thời kỳ Lương Vũ Đế.[35] Các hoàng đế khai quốc của Nam triều đều xuất thân từ hàn môn, trải qua việc cầm binh đánh trận, khống chế binh quyền rồi đăng cơ.

Do quân chủ Hồ tộc của Bắc triều cần có nhân tài quen thuộc với chế độ hay quy chế của Trung Nguyên, cũng nhằm lung lạc một số thế lực thế tộc phương bắc, quân chủ Hồ tộc hợp tác với thế tộc Hán tộc để trị lý quốc gia. Mặc dù thế tộc phương bắc tiếp tục có ý nguyện phối hợp,[37] song giữa hai bên vẫn có bất đồng về phong tục tập quán hay quan điểm chính trị nên có lúc nảy sinh việc muốn sát hại đối phương. Sau khi Bắc Ngụy Hiếu Văn Đế thúc đẩy vận động Hán hóa, đưa quý tộc Tiên Ti dung hợp vào trong thế tộc phương bắc, định rõ đẳng cấp và địa vị của thế tộc Hán và Tiên Ti phân thành 6 bậc: cao lương, hoa du, giáp, ất, bính, đinh. Đồng thời, tiến một bước nữa trong việc thực hành Hán và Tiên Ti kết thông gia, khiến trở ngại giữa hai bên dần giảm thiểu. Sau khởi nghĩa Lục trấn, thế tộc Tiên Ti ở Lạc Dương chịu tổn thất nghiêm trọng. Sau đó, Bắc Ngụy phân liệt thành Đông Ngụy và Tây Ngụy, lại phân biệt do Bắc Tề và Bắc Chu kế thừa. Quân chủ Bắc Tề không hoàn toàn trọng dụng thế tộc người Hán, song lại đặc biệt xem trọng việc đề xướng văn hóa và võ công Tiên Ti; trong khi đó Bắc Chu lựa chọn chính sách "Quan Trung bản vị", dung hợp văn hóa Hồ-Hán, trọng dụng các thế tộc như Tô Xước hay Lô Biện. Sau khi giành thắng lợi trước Bắc Tề và Trần, những vị trí chính trị chủ yếu đều do thế tộc Hồ-Hán Quan Trung lũng đoạn, thế tộc Quan Đông và thế tộc Giang Nam đều khó mà đối đầu, ảnh hưởng tới hoàn cảnh chính trị của triều Tùy và Đường sau này.

Tại Lưu Tống và Bắc Ngụy đều xuất hiện nguyên mẫu của chế độ tam tỉnh dưới triều Tùy sau này. Bắc Chu dựa theo Chu Lễ mà đặt ra lục quan, tức 6 phủ: thiên quan, địa quan, xuân quan, hạ quan, thu quan, đông quan; là nguồn gốc của chế độ lục bộ dưới triều Tùy-Đường.[38] Tuy nhiên, xét về toàn thể thời kỳ Nam Bắc triều, tam tỉnh lục bộ chế vẫn cùng tồn tại với tam công cửu khanh chế, cho đến sau khi triều Tùy được kiến lập thì mới phế bỏ tam công cửu khanh chế.[39] Môn hạ tỉnh phụ trách hiến kế sách và khuyến gián hoàng đế, tham dự vào việc cơ mật, trở thành cơ cấu nắm giữ đại quyền. Để tránh bị thế tộc khống chế, hoàng đế Nam triều để cho người xuất thân từ hàn môn đảm nhiệm các chức vụ cơ yếu bên cạnh mình, như "thông sự xá nhân" không những thay Hoàng đế khởi thảo chiếu lệnh, mà còn quản lý chính lệnh, trở thành một chức vụ có thực quyền bên cạnh Thiên tử. Một chức vụ trọng yếu khác là "điển thiêm" phụ trách khống chế những việc quan trọng của châu trấn, mỗi năm họ đều về kinh thành để báo cáo với Hoàng đế về những điều tốt xấu của thứ sử, do vậy chư vương thứ sử đều cực kỳ e sợ điển thiêm. Quân chủ Nam triều thấy được tình trạng phương trấn thế cường, uy hiếp trung ương vào thời Đông Tấn, do vậy thường cho con em trong tông thất đi làm trưởng quan quân chính ở châu trấn, đây là sách lược "nghĩ Chu chi phân Thiểm".[chú 8]